Luontaiset puulajit ovat metsäekosysteemin perusta. Levinneisyysalueellaan vallitseviin ilmasto- ja valo-olosuhteisiin vuosituhansien aikana sopeutuneina, luontaiset puulajit kasvavat hyvin ja ovat vastustuskykyisiä metsätuhoille. Muut metsissä elävät lajit ovat sopeutuneet elämään luontaisten puulajien yhteydessä. Niillä on siten suuri merkitys luonnon monimuotoisuuden kannalta.

Suomessa kotimaiset pääpuulajimme ovat kuusi, mänty, rauduskoivu ja hieskoivu. Nämä ovat myös taloudellisesti tärkeimmät puulajimme. Suomen metsien tilavuudesta 50 % on mäntyä, 30 % kuusta ja 17 % koivua. Muiden puulajien osuus on vähäinen, vain 3 %. Tämä joukko koostuu pääasiassa muista lehtipuulajeista, kuten haavasta, harmaalepästä, tervalepästä, pihlajasta ja raidasta. Aivan eteläisimmässä Suomessa, hemiboreaalisella metsäkasvillisuusvyöhykkeellä, tavataan myös jalopuita kuten tammea ja vaahteraa. Muualla maassa jalopuita esiintyy luontaisesti yksittäin tai pieninä ryhminä.

Metsänkasvatuksessa metsikön pääpuulaji valitaan ensisijaisesti kasvupaikan maaperän ravinne- ja kosteusolosuhteiden perusteella. Kuivilla kankailla ja karuilla puustoisilla soilla metsät ovat mäntyvaltaisia. Kuusi on yleisin pääpuulaji tuoreilla ja sitä rehevämmillä kangasmailla ja ravinteikkailla turvemailla. Lehtimetsiä tavataan rehevillä kasvupaikoilla ja vesistöjen rantametsinä.

Metsät kasvatetaan mahdollisuuksien mukaan sekapuustoisina. Sekametsillä on monia positiivisia vaikutuksia: ne ylläpitävät maaperän ravinnetaloutta ja tuottokykyä, ovat vastustuskykyisempiä metsätuhoja vastaan, sopeutuvat paremmin muuttuviin olosuhteisiin ja ovat monimuotoisempia verrattuna yhden puulajin metsiköihin. Tämän vuoksi havupuuvaltaisissa metsiköissä tavoitellaan sopivaa lehtipuusekoitusta – nykyisin ohjein vähintään kymmenen prosenttia vallitsevan puujakson runkoluvusta – läpi metsikön kiertoajan.

Koivu on tavallisin lehtipuulaji Suomen havupuuvaltaisissa sekametsissä. Koivun lisäksi metsien käsittelyn eri vaiheissa jätetään harvalukuisempia lehtipuita kasvamaan luonnon monimuotoisuuden turvaamiseksi. Näillä puulajeilla on oma niiden yhteyteen erikoistunut lajistonsa. Harvinaisemmat puulajit ovat siksi myös erinomaisia säästöpuita.